新人灌水

安东尼奥·托尼·西普里安利曾经是利昂黑手党的一名杀手，但在一次行动中被警察追踪，在逃离自由城两年后回到了自由城（1998），本以为为家族牺牲能够得到老大萨尔瓦多·利昂（教父）的赏识，但却被安排到利昂家族最不起眼的维琴佐手下当打手和做hongdengqu夜总会管理员约瑟夫·丹尼尔·JD·奥图尔（星达克家族的低等成员）的接头人。没过多久托尼的老妈（在游戏中未露面）觉得托尼浑浑噩噩的既不如他的父亲，甚至不如一些当代年轻人，还经常让托尼执行一些疯狂的任务来证明自己，最后甚至派出杀手追杀托尼。

因为维琴佐遭到了FIB的监视 ，当托尼去取他的车时被警察追捕，逃脱追捕后托尼恼火的破坏了维琴佐的跑车，并与其撇清了关系；同时在和JD接头时偶然救出了在夜总会的萨尔瓦多，并且消灭了这个地区的星达克黑手党，得到了萨尔瓦多的关注；而萨尔瓦多的妻子玛利亚·拉特利也认识到了托尼，经常聘请托尼帮自己解决麻烦或找乐子。

在hongdengqu恢复成利昂家族的地盘后，JD三番五次的申请正式加入利昂黑手党，终于家族同意了他的申请，之后将其杀死了（萨尔瓦多认为他之后会像背叛星达克一样背叛），托尼将其抛尸海中。

这时候西西里黑手党派来的一位代表马西莫·托雷尼来到自由城，见过了萨尔瓦多，托尼便一路跟踪他，马西莫之后又和洪门三合会、拉丁帮的代表谈话，然后乘直升机飞走了；不久后利昂家族的地盘便遭到了各个帮派的攻击，托尼努力挽回了一切；但利昂家族也遭到损伤。

同时，维琴佐因为托尼受到了萨尔瓦多的器重，十分嫉妒，将托尼骗到货船上欲将托尼用电锯杀害，但托尼杀出重围，并且干掉了维琴佐；这时，由于星达克与弗莱利黑手党的告密，警方掌握了萨尔瓦多的重要犯罪证据，使萨尔瓦多成为了通缉犯，托尼只能带着老萨跑路，就此，托尼成为了萨尔瓦多的亲信，于是托尼被正式纳入利昂家族，托尼的老妈也停止了杀手对托尼的追杀。

萨尔瓦多认为自由城的市长存心要整自己，所以让托尼暗杀了市长，于是新一轮的市长竞选开始了；利昂家族的一个帮手ˉ唐纳德·乐夫（罪恶都市中艾弗里·卡琳顿的跟班）打算去竞选市长，托尼被派遣去帮助他竞选。

另一方面教父跑路所藏身的地头属于弗莱利家族，为了对付弗莱利家族，托尼被介绍给利昂·米克埃弗里，一个腐败的警察，他的拍档雷·玛朝斯基那时候还想做个好警察（但在GTA3里也成了坏警察），米克弗莱里答应帮助托尼扫除弗莱利家族的势力，而托尼则要替米克弗莱利做一些“脏活”。

话说星达克和弗莱利家族准备联合起来对付利昂，他们的教父保利·星达克和弗朗哥·弗莱利要一起会面，在一个任务里托尼巧妙的遥控了保利的汽车，搞砸了这次会面。但是形势并不容乐观，因为西西里来的代表马西莫给中国三合会和拉丁帮派提供的消息，原来属于利昂家族的地盘被三合会和拉丁帮夺走了，这时萨尔瓦多和托尼认识到西西里联盟的目的是为了让自由城的黑手党互相残杀，然后接管一切。唐纳德虽然有托尼的帮助选票一路直升，但被人拍到照片和托尼在一起，被报纸揭露是黑金zhengzhi的选举人，所以唐纳德的市长梦也到此结束了，竞选资金全打了水票，唐纳德一蹶不振，还怪罪托尼，随后蜗居到一处破旧的公寓中。

教父萨尔瓦多的踪迹也被人告发，被关进了自由城监狱，米克得知后势利的与利昂家族撇清了关系；这时日本山口组的山濑加子聘请托尼干掉自己的丈夫加濑一树（日本山口组头目），她是被迫嫁给一树的，所以一直怀恨在心。她听说托尼是一名很能干的杀手，便让托尼先毁掉一树的事业，再杀死一树。俊子一直向往着完全自由，所以想出各种方法来毁掉一树的事业（因为日本帮对利昂家族虎视眈眈，托尼顺水人情做掉了山口组），后来一树发现了托尼，找到托尼，却被托尼枪杀。托尼杀死了一树之后，回到俊子的住处告诉他，俊子却说找到了完全自由的方法，之后跳楼自杀。

耐得·波尼，耐得是自由城报社的一名八卦记者，为了报纸能做出任何事情。耐得在托尼来到中岛初期发现托尼信耶稣的弱点，假扮成一个神父让他帮自己制造事件，偷别人的编辑稿等等。在托尼帮他干了足够的活后，他告诉托尼自己只不过是一个记者，却没留下姓名便跑了。恶人有恶报，后来耐得偷拍到了唐纳德和托尼犯罪的照片，准备登报纸，却被唐纳德发现。托尼一直对他怀恨在心，找到他后，他又照了几张托尼的照片，想设计逃跑，结果被托尼抓住后杀死。

不久后，托尼办成律师去见萨尔瓦多，萨尔瓦多让托尼带上兜帽帮的去攻击失去西西里黑手党以及星达克黑手党庇护的弗莱利黑手党，之后弗莱利家族的老大弗朗哥在逃跑的路中船被托尼炸毁，深深沉入了自由城的海底。

另一边，唐纳德让托尼帮他东山再起，唐纳德的师傅艾弗里要到自由城担任一个项目的经理，而且聘请了哥伦比亚帮的人当保镖；唐纳德为了抢走建筑图纸，杀害了刚刚到达自由城的艾弗里已经哥伦比亚帮的人；唐纳德有特殊的癖好，让托尼将艾弗里和市长的尸体抢来进行“太平间派对”。

研究了一段时间后，唐纳德让托尼去炸毁自由城的一段地下通道，因此自由城一片区域灰飞烟灭，而唐纳德提出修隧道，得到人民的支持，重新东山再起，不过因为和哥伦比亚帮结下梁子，被迫离开自由城避难。

因为没有任何有力证据，萨尔瓦多也收买了法庭，因此，教父回归了利昂黑手党，为了报复西西里联盟，萨尔瓦多和托尼打算去干掉马西莫，但是马西莫绑架了新市长，托尼一路追击马西莫，到了灯塔，萨尔瓦多和托尼与马西莫对质，并消灭了西西里联盟的所有人以及马西莫，营救了市长利昂黑手党成为了自由城最强大的帮派。

市长也成为了萨尔瓦多的傀儡，托尼也因此成为了利昂黑手党的二把手，并且萨尔瓦多也知道了这一切的幕后主使就是自己的叔叔；事后，萨尔瓦多和托尼去威胁萨尔瓦多的叔叔并让他不要搞事，他叔叔被迫答应后，转身离开，萨尔瓦多冷冷的嘲讽了一句“这个老东西…早告诉你没什么用了”，而他的叔叔停下低声说了一句“你会有报应的……”

3年之后的自由城，终于，在某个角落，某个人灵验了所谓的“报应”。

三年后萨尔瓦多被GTA3主角克劳德刺杀

说得好，可惜没人啊！